El PACC trabaja a tres niveles:

NACIONAL: Con el MINAM, participando y apoyando los procesos y actividades impulsadas desde la Dirección General de Cambio Climático, la misma que monitorea el desarrollo del Programa.

REGIONAL: Con los gobiernos regionales de Apurímac y Cusco que lideran la implementación regional, bajo un modelo de gestión compartida con la Unidad de Coordinación Nacional del PACC.

LOCAL: Con los gobierno locales de las microcuencas priorizadas, quienes liderarán la gestión de los proyectos piloto de adaptación.